Para gerenciar una empresa de tal envergadura IIRSA está siendo coordinada por los doce gobiernos sudamericanos, con el apoyo técnico de tres agencias multilaterales de financiación del desarrollo: (El Banco Interamericano de Desarrollo (BID), la Corporación Andina de Fomento (CAF) y el Fondo Financiero para el Desarrollo de la Cuenca del Plata (FONPLATA) ), bancos nacionales de desarrollo y el sector privado.